委托寄存分为公开寄存和非公开寄存两种。寄存菌种者，请登录CGMCC的主页下载《菌种保藏登记表》，并将必要的资料填入表格，连同斜面培养物或冻干保存的菌种一式三份，寄送保藏中心。中心即采用液氮超低温冻结、-80℃冻结和真空冷冻干燥等多种保藏方法妥善保存。愿将寄存菌种登载于保藏中心的菌种目录，供各界利用(公开寄存)，一律免费寄存。非公开寄存，每株菌第一年收取保藏成本费400元，以后每年收取保藏维持费200元。

　　国际细菌命名法规(1990年修订本)规定：新种名发表以前，必须将模式菌株的培养物保存在至少一个永久性菌种保藏中心(辅则 30a)。在随后的修订中，又进一步要求，至少须将模式菌株的培养物保存在处于不同国家的两个保藏中心。而The International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM)则要求作者证明模式菌株已经在保藏中心进行了保存，并且没有限制公众利用该模式菌株，否则，他们的论文将不被IJSEM接受发表。

　　凡预定发表论文的微生物新菌种，作者可在CGMCC办理模式菌株的寄存，并在论文中标明菌株的CGMCC保藏编号。CGMCC将向寄存人签发保存证明，以符合IJSEM的规定。CGMCC提请寄存人注意，只有在CGMCC完成对寄存菌种的存活性、纯度、以及一致性（主要基于rRNA基因分析）的检查、并确认符合质量要求后，CGMCC才会向寄存人签发保存证明，而完成这些质量检查工作通常需要数周或者更长的时间。CGMCC建议寄存人及时办理菌种的寄存，以避免影响论文的及时发表。