根据“十一五”国家科技基础条件平台建设实施意见的要求，国家自然科技资源平台建设项目《微生物菌种资源》项目（9个子项目）于2003年启动，中国科学院微生物研究所承担了《基础微生物资源标准化整理、整合及共享试点》子项目。主要参加单位有：中国科学院武汉病毒研究所、中国科学院沈阳应用生态研究所、中国科学院成都生物研究所、河北大学、西南林学院、江苏大学、新疆师范大学、宁波大学、国家海洋局第二海洋研究所、贵州大学、西南大学等单位。子项目以资源共享为目标，按照自然科技资源平台统一制订的描述规范和技术规程，对基础微生物菌种开展标准化整理和规范化整合，建立统一规范的数据库，提高菌种资源的数字化水平和资源管理的信息化水平，实现基础微生物菌种资源的高效共享。
基础资源数据库：

 真菌: